Embora sua carreira tenha começado na infância, até atuando ao lado de seu irmão River, pode-se argumentar que o ponto de virada na carreira de Joaquin Phoenix foi sua atuação como o vilão Cômodo em Gladiador, de Ridley Scott. Seu trabalho lhe rendeu sua primeira indicação ao Oscar e definiu o tipo de papéis pelos quais seria mais conhecido no futuro.
Ao longo de sua carreira, Joaquin Phoenix tem o hábito de fazer pausas esporádicas de alguns anos para depois retornar com força total. Após uma extravagante brincadeira com o falso documentário I'm Still Here, Phoenix estrelou O Mestre (The Master), filme de Paul Thomas Anderson sobre a vulnerabilidade dos marginalizados às seitas. Considerado um de seus melhores papéis – explosivo, errático e irado, semelhante a outros de seus trabalhos – este filme lhe rendeu a Copa Volpi no Festival de Veneza, além de outra indicação ao Oscar.
Outro de seus papéis icônicos está no extremo oposto do espectro. Em Ela (Her), Joaquin Phoenix interpreta um homem solitário e taciturno que, preso em um emprego rotineiro e diante de um iminente divórcio, encontra consolo em uma inteligência artificial (voz de Scarlett Johansson), por quem se apaixona. Phoenix foi indicado ao Globo de Ouro de Melhor Ator.
Neste filme de Lynne Ramsay, Joaquin Phoenix oferece uma das atuações mais interessantes de sua carreira, que também lhe rendeu o prêmio de Melhor Ator em Cannes (além de Melhor Roteiro para Ramsay). Você Nunca Esteve Realmente Aqui (You Were Never Really Here) é a história de um mercenário contratado por um político para salvar sua filha e eliminar a organização criminosa responsável. Embora haja violência, não se trata de ver Phoenix se tornar outro herói de ação genérico, mas de testemunhar um homem lutando com seus traumas e seu desejo por violência.
Neste comovente filme do diretor Mike Mills (Toda Forma de Amor), Phoenix entrega uma atuação contida e incomum, sem suas habituais explosões de emoção, mas não por isso menos sincera. Aqui, ele é um jornalista que viaja pelo país para uma reportagem com crianças, enquanto cuida de seu sobrinho. Não houve prêmios para o ator aqui, mas é uma demonstração de outra faceta de seu talento.